สถานีนิกโก (Nikko JR Station) เป็นสถานีปลายทางของสาย JR Nikko อยู่ติดกับสถานี Tobu Nikko เปิดในปี พ.ศ. 2433 อาคารสถานีเป็นอาคารไม้สไตล์ตะวันตกครึ่งไม้ครึ่งหลังยุคฟื้นฟูศิลปวิทยานีโอ-เรอเนซองส์ และความงามของอาคารนี้ต้องไม่พลาด อาคารสถานีสวย ตัวสถานีให้ความรู้สึกย้อนยุค โดยมีพื้นที่รอสำหรับผู้โดยสารชั้นหนึ่งที่ชั้นสอง มีข้อมูลการท่องเที่ยว ล็อกเกอร์ ตู้จำหน่ายสินค้าอัตโนมัติ ห้องน้ำอยู่นอกประตูตรวจตั๋ว ไม่มีร้านอาหารหรือร้านสะดวกซื้อรอบสถานี