สถานีรถไฟฮาราจูกุ (JR Harajuku Station) เป็นสถานีรถไฟตั้งอยู่ในเขตชิบูยะ กรุงโตเกียว ดำเนินงานโดยบริษัทรถไฟญี่ปุ่นตะวันออก ชื่อของสถานีมาจากย่านฮาราจูกุที่อยู่ทางด้านทิศตะวันออกของสถานี สถานีรถไฟเล็กๆแต่มีบรรยากาศที่คึกคักและมีสีสัน สถานีที่สะดวกไปยังสถานที่ท่องเที่ยวที่มีชื่อเสียง เป็นสถานีที่ใกล้ที่สุดกับศาลเจ้าเมจิจิงกู และในขณะที่ทางออกด้านตะวันออกเป็นเมืองที่มีชีวิตชีวาซึ่งนำทางจากถนนทาเคชิตะไปยังโอโมเตะซันโด ทางออกด้านตะวันตกมีบรรยากาศที่เงียบสงบซึ่งมีศาลเจ้าเมจิจิงกูและสวนสาธารณะโยโยงิ

ได้รับการปรับปรุงให้เป็นสถานีที่ทันสมัย กลายเป็นสถานีใหม่และสวยงามและมีประโยชน์ใช้สอย เมื่อเดือนมีนาคม 2020 สถานีฮาราจูกุได้ปรับปรุงอาคารสถานีไม้เก่าเป็นอาคารสถานีที่ปิดด้วยกระจกอย่างดี มีความสวยงาม ขจัดความแออัดและสะดวกสบายกว่าเดิม มีร้านสะดวกซื้อในสถานีนอกประตูตรวจตั๋ว และร้าน Sarutahiko Coffee อยู่ที่ชั้นสองของสถานี