เป็นสถานที่จัดเก็บผลงานมังงะต้นฉบับของศิลปินดังๆที่ใหญ่ที่สุด และ จัดแสดงภาพลายเส้นการ์ตูนของศิลปินชาวญี่ปุ่นและชาวต่างชาติ  จัดเก็บผลงานไว้ถึง 230,000 ชิ้นเลยทีเดียว! อีกทั้งยังมีมุมคาเฟ่ธีมมังงะอีกด้วย

สำหรับพื้นที่ที่เปิดให้บริการก็มีอยู่ 11 ส่วนด้วยกัน

General Information and Counter หรือเคาน์เตอร์ประชาสัมพันธ์

Cartoon Cultural Exhibition Room ห้องนิทรรศการนี้เป็นโซนจัดแสดงบทสัมภาษณ์ของนักเขียนการ์ตูน รวมถึงรีวิวของเหล่านักอ่าน

Permanent Exhibition Room เป็นห้องมีไว้เพื่อจัดแสดงประวัติศาสตร์ของมังงะ

Manga Kura Exhibition Room ห้องนี้เป็นส่วนที่จัดแสดงผลงานต้นฉบับมังงะก่อนนำไปตีพิมพ์

Manga Library นี่คือห้องสมุดมังงะที่จุหนังสือไว้มากกว่า 25,000 เล่ม

Name Word Road แกลเลอรีเล็กๆที่จัดแสดงวลีเด็ดจากมังงะที่น่าจดจำ

Special Exhibition Room ห้องนี้เป็นห้องสำหรับนิทรรศการที่จัดแสดงชั่วคราว 

Cartoon Cafe โซนคาเฟ่

Museum Shop โซนสินค้าที่ระลึก

Workshop Room ห้องนี้เป็นห้องที่จะทำให้เราได้ลองวาดรูประบายสีภาพจากการ์ตูนเรื่องโปรดของเรา

Convention Hall เป็นหอประชุมที่สามารถจุคนได้ประมาณ 500 ที่นั่ง